L'ecografia peniena è importante soprattutto per rilevare alterazioni dell'ecostruttura dei corpi cavernosi (esiti cicatriziali di chirurgia peniena o di traumi genitali, cisti o aneurismi, placche di Induratio Penis Plastica), la regolarità dello spessore delle guaine e del setto intercavernoso, la regolare morfologia ed ecostruttura del corpo spongioso dell'uretra, la localizzazione di alcuni tratti delle arterie cavernose. Molto spesso tale indagine viene combinata con lo studio vascolare basale delle arterie cavernose o dopo la somministrazione di farmaci vasoattivi (Ecocolor doppler penieno dinamico).